Captain Tsubasa: Rise of New Champions contará con un modo historia en el que los jugadores podrán revivir la mítica historia de Tsubasa Ozora (Óliver Atom en la primera emisión del anime en España). El llamado Episodio Tsubasa cubrirá todo el torneo nacional de institutos e incluirá algunos de los partidos más épicos del material original. En el juego estarán presentes los gemelos Tachibana, Hikaru Matsuyama, Kohiro Hyuga y muchos otros de los grandes rivales de Tsubasa. ¡Y, como no podía ser de otra forma, todos ellos traerán consigo sus mejores movimientos! Según el marcador y el ritmo del partido, es posible que se activen escenas especiales, algunas de las cuales serán de tipo narrativo y otras traerán consigo nuevas sorpresas.