Digimon Story Time Stranger explora una serie de acontecimientos que afectan a la estabilidad tanto del mundo humano como del digital. Los jugadores asumen el papel de un agente ADAMAS y deben desentrañar esta catástrofe, viajando a través del tiempo y distintos mundos para descubrir la verdad. El juego presenta una historia conmovedora protagonizada por personajes que comparten vínculos especiales con los Digimon. Para restaurar las leyes naturales del mundo, la alianza entre humanos y Digimon es esencial para plantar cara al destino.